Java ile Protein Dizisi Hizalama
- Sevdanur GENC
- May 5, 2014
- 2 min read
Bu makalemde basit bir mantikla protein zincirlerlerinde hizalamalari java yardimiyla eslestirmeye calisicaz.
Yapilan bu calisma ile ayni zamanda java'da string kontrollerini pekistirmis olucaksiniz.
Calisma sonucunda ornek olarak kullanabileceginiz protein dizilimleride bulabilirsiniz.
Java Kodu
public class align { public static void main(String[] args) { String[] aligned = align("PTHPLASKTQILPEDLASEDLTI", "PTHPLAGERAIGLARLAEEDFGM"); System.out.println(aligned<0>
); System.out.println(aligned<1>
); } public static String[] align(String a, String b) { int[][] T = new int
; for (int i = 0; i <= a.length(); i++) T
<0>
= i; for (int i = 0; i <= b.length(); i++) T<0>
= i; for (int i = 1; i <= a.length(); i++) { for (int j = 1; j <= b.length(); j++) { if (a.charAt(i - 1) == b.charAt(j - 1)) T
= T
; else T
= Math.min(T
, T
) + 1; } } StringBuilder aa = new StringBuilder(), bb = new StringBuilder(); for (int i = a.length(), j = b.length(); i > 0 || j > 0; ) { if (i > 0 && T
== T
+ 1) { aa.append(a.charAt(--i)); bb.append("-"); } else if (j > 0 && T
== T
+ 1) { bb.append(b.charAt(--j)); aa.append("-"); } else if (i > 0 && j > 0 && T
== T
) {
aa.append(a.charAt(--i));
bb.append(b.charAt(--j));
}
}
return new String[]{aa.reverse().toString(), bb.reverse().toString()};
}
}
Ekran Ciktisi
PTHPLA----SKTQI-L--PEDLASE-D---LTI
PTHPLAGERA----IGLAR---LA-EEDFGM---
Ornek Protein Dizilimleri
Protein Zincir Ornekleri; String aminoAcid1 = "PTHPLASKTQILPEDLASEDLTI"; String aminoAcid2 = "PTHPLAGERAIGLARLAEEDFGM"; String aminoAcid1 = "GMIDLITARCAYPSWTGH"; String aminoAcid2 = "IEVRTAKCAYPGWSGHY"; String aminoAcid1 = "GEIMAASRIETYKEDAQVWIGDLPCWLADYGYWDLPKRAVGRRYRIIAGGQPVIITTEYF"; String aminoAcid2 = "GEVMAASCIETFKEEAKVWAGESPAWLELDRRRNLPPKVVGRQYRVIAEGRPVIIITEYF"; String aminoAcid1 = "DVAPKIPELENLKIGRILQRDILLKGQKSGILFVAAESLIVIDLLPTAITTYLTKTHHPI"; String aminoAcid2 = "DAAPEMDGCDHSSIGRVLRRDIVLKGRRSGIPFVAAESFIAIDLLPPEIVASLLETHRPI"; String aminoAcid1 = "MTNRTLSREEIRKLDRDLRILVATNGTLTRVLNVVANEEIVVDIINQQLLDVAPKIPELE"; String aminoAcid2 = "MTECHLSDEEIRKLNRDLRILIATNGTLTRILNVLANDEIVVEIVKQQIQDAAPEMDGCD"; String aminoAcid1 = "NLKIGRILQRDILLKGQKSGILFVAAESLIVIDLLPTAITTYLTKTHHPIGEIMAASRIE"; String aminoAcid2 = "HSSIGRVLRRDIVLKGRRSGIPFVAAESFIAIDLLPPEIVASLLETHRPIGEVMAASCIE"; String aminoAcid1 = "TYKEDAQVWIGDLPCWLADYGYWDLPKRAVGRRYRIIAGGQPVIITTEYFLRSVFQDTPR"; String aminoAcid2 = "TFKEEAKVWAGESPAWLELDRRRNLPPKVVGRQYRVIAEGRPVIIITEYFLRSVFEDNSR"; String aminoAcid1 = "EELDRCQYSNDIDTRSG"; String aminoAcid2 = "EEPIRHQRSVGTSARSG"; Keyifli Calismalar Dilerim.
Comments