Global ve Local Alignment

Hizalama turleri kullanilan algoritmalarina gore Global ve Local Alignment'lar olarak ikiye ayrilmaktadir. Global alignment; Needleman & Wunsch algoritmasini kullanir. Local alignment ise Smith & Waterman algoritmasini kullanmaktadir. Global dizilimde aminoacid string uzunluklarini benzer buyuklukte ve benzer yapidaki genlere olmasina dikkat edilir. Genis bir sonuc olacak sekilde aminoacid'lerin dizilisi ortaya cikmaktadir. Local dizilimde aminoacid string uzunluklari farkli uzunluklarda olabilir. Sonuc olarak bu uzunluklar arasinda benzer bolgeleri alip dizilime sokacaktri. National Center for Biotechnology Information 'a ait olan http://www.ncbi.nlm.nih.gov adresinden global ve local bir sekilde dizilim yaparken calisacagimiz proteinler olan Hemoglobin ve Herpes 'e ait FASTA uzantili dosyalari asagidaki gibi oncelikle search ettiriyoruz.     Ardindan cikan sonuclardan en son eklenen protein'i seciyoruz.                 Download formatini fasta olarak sectikten sonra indirmis oldugumuz .fasta uzantili dizilimlerimizi matlabimizde okutturmuya ve ardindan da global ve local dizilim sonuclarini elde etmeye calisiyoruz.

Matlab Kodu;

clear all; close all; clc; seqHg = fastaread('hemoglobin.fasta') seqHerpes = fastaread('herpes.fasta') seqHG = seqHg.Sequence; seqH = seqHerpes.Sequence; % Global Alignment

= nwalign(seqH,seqHG) % Local Alignment

= swalign(seqH,seqHG)

Sonuclar;

Hemoglobin.Fasta >gi|109893891|gb|ABG47031.1| hemoglobin

MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLG AFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFR Herpes.Fasta >gi|83754653|pdb|2C56|A Chain A, A Comparative Study Of Uracil Dna Glycosylases From Human And Herpes Simplex Virus Type 1 MDLTNGGVSPAATSAPLDWTTFRRVFLIDDAWRPLMEPELANPLTAHLLAEYNRRCQTEEVLPPREDVFS WTRYCTPDEVRVVIIGQNPYHHPGQAHGLAFSVRANVPPPPSLRNVLAAVKNCYPEARMSGHGCLEKWAR DGVLLLNTTLTVKRGAAASHSRIGWDRFVGGVIRRLAARRPGLVFMLWGTHAQNAIRPDPRVHCVLKFSN PSPLSKVPFGTCQHFLVANRYLETRSISPIDWSV seqHg = Header: 'gi|109893891|gb|ABG47031.1| hemoglobin

' Sequence: <1x105 char>

seqHerpes = Header: <1x121 char>

Sequence: <1x244 char>

                              Keyifli Calismalar Dilerim.