BioInformatic Assignments

Biyoinformatik alaninda calismaniz icin ornek niteliginde isinize yarayabilecek soru ve cevaplari bu makale iceriginde bulabilirsiniz.    

Assignment I

A ) Human Myoglobin Protein Hakkinda Bilgiler clear all; close all; clc; % Human Myoglobin.Fasta seqMg = fastaread('humanMyoglobin.fasta') seqMG = seqMg.Sequence seqMg = Header: 'gi|44955888|ref|NP_976312.1| myoglobin

' Sequence: <1x154 char>

seqMG = MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFK HLKSEDEMKASEDLKKHGATVLTALGGILKKKGHHEAEIKPLAQSHATK HKIPVKYLEFISECIIQVLQSKHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDMASNY KELGFQG B ) Mouse Myoglobin Protein Hakkinda Bilgiler clear all; close all; clc; % Mouse Myoglobin.Fasta seqMg = fastaread('mouseMyoglobin.fasta') seqMG = seqMg.Sequence seqMg = Header: 'gi|255708425|ref|NP_001157520.1| myoglobin

' Sequence: <1x154 char>

seqMG = MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADLAGHGQEVLIGLFKTHPETLDKFDKFKN LKSEEDMKGSEDLKKHGCTVLTALGTILKKKGQHAAEIQPLAQSHATKHKI PVKYLEFISEIIIEVLKKRHSGDFGADAQGAMSKALELFRNDIAAKYKELGFQG C ) Human Myoglobin Proteini ve Mouse Myoglobin Proteini arasindaki farkliliklar MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFK HLKSEDEMKASEDLKKHGATVLTALGGILKKKGHHEAEIKPLAQSHATK HKIPVKYLEFISECIIQVLQSKHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDMASN YKELGFQG MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADLAGHGQEVLIGLFKTHPETLDKFDKFK NLKSEEDMKGSEDLKKHGCTVLTALGTILKKKGQHAAEIQPLAQSHATK HKIPVKYLEFISEIIIEVLKKRHSGDFGADAQGAMSKALELFRNDIAAKYK ELGFQG

Assignment II

Q : YECHQCGQAFKT P : YECNQCGKAFR Global Alignment  Score : 43 Gap : -1 Y    E    C    H    Q    C    G    Q    A    F    K    T Y    7    -2    -2    2    -1    -2    -3    -1    -2    3    -2    -2 E    -2    5    -4    0    2    -4    -2    2    -1    -3    1    -1 C    -2    -4    9    -3    -3    9    -3    -3    0    -2    -3    -1 N    -2    0    -3    1    0    -3    0    0    -2    -3    0    0 Q    -1    2    -3    0    5    -3    -2    5    -1    -3    1    -1 C    -2    -4    9    -3    -3    9    -3    -3    0    -2    -3    -1 G    -3    -2    -3    -2    -2    -3    6    -2    0    -3    -2    -2 K    -2    1    -3    -1    1    -3    -2    1    -1    -3    5    -1 A    -2    -1    0    -2    -1    0    0    -1    4    -2    -1    0 F    3    -3    -2    -1    -3    -2    -3    -3    -2    6    -3    -2 R    -2    0    -3    0    1    -3    -2    1    -1    -3    2    -1 Local Alignment  Score : Match = +5 , Mismatch = -2,  Gap : -1 Y    E    C    N    Q    C    G    K    A    F    R 0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0 Y    0    4    3    2    1    0    0    0    0    0    0    0 E    0    3    8    7    6    5    4    3    2    1    0    0 C    0    2    7    12    11    10    9    8    7    6    5    4 H    0    1    6    11    10    9    8    7    6    5    4    3 Q    0    0    5    10    9    14    13    12    11    10    9    8 C    0    0    4    9    8    13    18    17    16    15    14    13 G    0    0    3    8    7    12    17    22    21    20    19    18 Q    0    0    2    7    6    11    16    21    20    19    18    17 A    0    0    1    6    5    10    15    20    19    24    23    22 F    0    0    0    5    4    9    14    19    18    23    28    27 K    0    0    0    4    3    8    13    18    23    22    27    26 T    0    0    0    3    2    7    12    17    22    21    26    25   Q : GCGCATGGATTGAGCGA P : TGCGCCATTGATGACCA A    T    C    G A    5    -4    -4    -4 T    -4    5    -4    -4 C    -4    -4    5    -4 G    -4    -4    -4    5 Global Alignment   Score : 5 , Gap : -1 G    C    G    C    A    T    G    G    A    T    T    G    A    G    C    G    A T    -4    -4    -4    -4    -4    5    -4    -4    -4    5    5    -4    -4    -4    -4    -4    -4 G    5    -4    5    -4    -4    -4    5    5    -4    -4    -4    5    -4    5    -4    5    -4 C    -4    5    -4    5    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    5    -4    -4 G    5    -4    5    -4    -4    -4    5    5    -4    -4    -4    5    -4    5    -4    5    -4 C    -4    5    -4    5    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    5    -4    -4 C    -4    5    -4    5    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    5    -4    -4 A    -4    -4    -4    -4    5    -4    -4    -4    5    -4    -4    -4    5    -4    -4    -4    5 T    -4    -4    -4    -4    -4    5    -4    -4    -4    5    5    -4    -4    -4    -4    -4    -4 T    -4    -4    -4    -4    -4    5    -4    -4    -4    5    5    -4    -4    -4    -4    -4    -4 G    5    -4    5    -4    -4    -4    5    5    -4    -4    -4    5    -4    5    -4    5    -4 A    -4    -4    -4    -4    5    -4    -4    -4    5    -4    -4    -4    5    -4    -4    -4    5 T    -4    -4    -4    -4    -4    5    -4    -4    -4    5    5    -4    -4    -4    -4    -4    -4 G    5    -4    5    -4    -4    -4    5    5    -4    -4    -4    5    -4    5    -4    5    -4 A    -4    -4    -4    -4    5    -4    -4    -4    5    -4    -4    -4    5    -4    -4    -4    5 C    -4    5    -4    5    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    5    -4    -4 C    -4    5    -4    5    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -4    5    -4    -4 A    -4    -4    -4    -4    5    -4    -4    -4    5    -4    -4    -4    5    -4    -4    -4    5 Local Alignment  Score : Match = +5 , Mismatch = -4,  Gap : -4 -    -    T    G    C    G    C    C    A    T    T    G    A    T    G    A    C    C    A -    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0 G    0    0    5    1    5    1    0    0    0    0    5    1    0    5    1    0    0    0 C    0    0    1    10    6    10    6    2    0    0    1    1    0    1    1    6    5    1 G    0    0    5    6    15    11    7    3    0    0    5    1    0    5    1    2    2    1 C    0    0    1    10    11    20    16    12    8    4    1    1    0    1    1    6    7    3 A    0    0    0    6    7    16    16    21    17    13    9    6    2    0    6    2    3    12 T    0    5    1    2    3    12    12    17    26    22    18    14    11    7    3    2    0    8 G    0    1    10    6    7    8    8    13    22    22    27    23    19    16    12    8    4    4 G    0    0    6    6    11    7    4    9    18    18    27    23    19    24    20    16    12    8 A    0    0    2    2    7    7    3    9    14    14    23    32    28    24    29    25    21    17 T    0    5    1    0    3    3    3    5    14    19    19    28    37    33    29    25    21    17 T    0    5    1    0    0    0    0    1    10    19    15    24    33    33    29    25    21    17 G    0    1    10    6    5    1    0    0    6    15    24    20    29    38    34    30    26    22 A    0    0    6    6    2    1    0    5    2    11    20    29    25    34    43    39    35    31 G    0    0    5    2    11    7    3    1    1    7    16    25    25    30    39    39    35    31 C    0    0    1    10    7    16    12    8    4    3    12    21    21    26    35    44    44    40 G    0    0    5    6    15    12    12    8    4    0    8    17    17    26    31    40    40    40 A    0    0    1    2    11    11    8    17    13    9    5    13    13    22    31    36    36    45

Assignment III

S1 : ALSK S2 : TNSD S3 : NASK S4 : NLSD MATCH : +5 MISMATCH :-3 GAP : -1 Dizi en yuksek score: 5 -  T  N  S  D -  0  0  0  0 A  0  0  0  0 L  0  0  0  0 S  0  0  5  4 K  0  0  4  3 S S     Dizi en yuksek score: 14 -  N  A  S  K -  0  0  0  0 A  0  5  4  3 L  0  4  3  2 S  0  3  9  8 K  0  2  8  14 K K    Dizi en yuksek score: 10 -  N  L  S  D -  0  0  0  0 A  0  0  0  0 L  0  5  4  3 S  0  4  10  9 K  0  3  9  8 S S    Dizi en yuksek score: 9 -  N  A  S  K -  0  0  0  0 T  0  0  0  0 N  5  4  3  2 S  4  3  9  8 D  3  2  8  7 S S    Dizi en yuksek score: 14 -  N  L  S  D -  0  0  0  0 T  0  0  0  0 N  5  4  3  2 S  4  3  9  8 D  3  2  8  14 D D    Dizi en yuksek score: 8 -  N  L  S  D -  0  0  0  0 N  5  4  3  2 A  4  3  2  1 S  3  2  8  7 K  2  1  7  6 S S 0 5 14 10 29 5 0 9 14 28 14 9 0 8 31 10 14 8 0 32    En buyuk degere sahip sequence'ler : 29 S1, 28 S2, 31 S3, 32 S4 Selection Sort sonucu buyukten kucuge siralama : 32 S4, 31 S3, 29 S1, 28 S2    Tree MAP : S4---|____ S3---| S1-------|_____ S2---|_________| S1: AACCTG S2: CCAGTA S3: GAATTC S4: TCCCTG    MATCH : +5 MISMATCH :-3 GAP : -1 Dizi en yuksek score: 13 -  C  C  A  G  T  A -  0  0  0  0  0  0 A  0  0  5  4  3  5 A  0  0  5  4  3  8 C  5  5  4  3  2  7 C  5  10  9  8  7  6 T  4  9  8  7  13  12 G  3  8  7  13  12  11 T T    Dizi en yuksek score: 13 -  G  A  A  T  T  C -  0  0  0  0  0  0 A  0  5  5  4  3  2 A  0  5  10  9  8  7 C  0  4  9  8  7  13 C  0  3  8  7  6  12 T  0  2  7  13  12  11 G  5  4  6  12  11  10 C C    Dizi en yuksek score: 20 -  T  C  C  C  T  G -  0  0  0  0  0  0 A  0  0  0  0  0  0 A  0  0  0  0  0  0 C  0  5  5  5  4  3 C  0  5  10  10  9  8 T  5  4  9  9  15  14 G  4  3  8  8  14  20 G G    Dizi en yuksek score: 9 -  G  A  A  T  T  C -  0  0  0  0  0  0 C  0  0  0  0  0  5 C  0  0  0  0  0  5 A  0  5  5  4  3  4 G  5  4  4  3  2  3 T  4  3  3  9  8  7 A  3  9  8  8  7  6 T T    Dizi en yuksek score: 13 -  T  C  C  C  T  G -  0  0  0  0  0  0 C  0  5  5  5  4  3 C  0  5  10  10  9  8 A  0  4  9  9  8  7 G  0  3  8  8  7  13 T  5  4  7  7  13  12 A  4  3  6  6  12  11 G G    Dizi en yuksek score: 10 -  T  C  C  C  T  G -  0  0  0  0  0  0 G  0  0  0  0  0  5 A  0  0  0  0  0  4 A  0  0  0  0  0  3 T  5  4  3  2  5  4 T  5  4  3  2  7  6 C  4  10  9  8  7  6 C C 0 13 13 20 46 13 0 9 13 35 13 9 0 10 32 20 13 10 0 43    En buyuk degere sahip sequence'ler : 46 S1, 35 S2, 32 S3, 43 S4 Selection Sort sonucu buyukten kucuge siralama : 46 S1, 43 S4, 35 S2, 32 S3    Tree MAP : S1---|____ S4---| S2-------|_____ S3---|_________|

Assignment IV

Suffix Tree : YECHQCQE 3: CHQCQE 6: CQE 8: E 2: ECHQCQE 4: HQCQE 5: QCQE 7: QE 1: YECHQCQE |(1:YECHQCQE)|leaf tree:| |(2:ECHQCQE)|leaf | |     |(4:HQCQE)|leaf |(3:C)| |     |(7:QE)|leaf | |(4:HQCQE)|leaf | |     |(6:CQE)|leaf |(5:Q)| |     |(8:E)|leaf 3 branching nodes

Assignment V

Suffix Tree : mississippi$ T1  = mississippi = txt T2  = ississippi T3  = ssissippi T4  = sissippi T5  = issippi T6  = ssippi T7  = sippi T8  = ippi T9  = ppi T10 = pi T11 = i T12 = $    T11 = i T8  = ippi T5  = issippi T2  = ississippi T1  = mississippi T10 = pi T9  = ppi T7  = sippi T4  = sissippi T6  = ssippi T3  = ssissippi tree                          substrings tree-->|---mississippi                m .. mississippi | |---i-->|---ssi-->|---ssippi   i .. ississippi |       |         | |       |         |---ppi      issip,issipp,issippi |       | |       |---ppi                ip, ipp, ippi | |---s-->|---si-->|---ssippi    s .. ssissippi |       |        | |       |        |---ppi       ssip, ssipp, ssippi |       | |       |---i-->|---ssippi     si .. sissippi |               | |               |---ppi        sip, sipp, sippi | |---p-->|---pi                 p, pp, ppi | |---i                  p, pi Keyifli Calismalar Dilerim.